Hunderwasser wyrażał antypatie do prostych linii odpowiedzialnych za surowość i szorstkość architektury. Rewolucyjność jego pomysłów polegała między innymi na umieszczaniu krzewów na balkonach, drzew rosnących na tarasach i we wnękach ścian. Realizacja ogrodów i przestrzeni gdzie mogą się paść zwierzęta na dachach budynków, oazy drzew tworzącej kawałek lasu w sercu miasta.
Wyobrażał sobie powrót poprzez architekturę do naszych korzeni jako istot żyjących w harmonii z otoczeniem, z florą i fauną w lesie. Hundertwasser uważał, że nasze budynki powinny korespondować z otoczeniem, a nasza przestrzeń życiowa powinna być podobna do środowiska, w którym się rozwijaliśmy.
W latach 1993-1997 Hundertwasserowi powierzono zaprojektowanie kompleksu termalnego z gorącymi źródłami w Blumau, w Styrii, Thermendorf Blumau – Bad Blumau. To największy projekt Hundertwassera Powiązał kompleks budynków z naturą, zyskując przy tym warunki sprzyjające wyciszeniu, odnalezieniu harmonii i wewnętrznej równowagi. Zastosował różnorodne formy architektoniczne, takie jak dom w kształcie oka, dom z dziedzińcem z drzewami.
Hunderwasserhaus czyli Domu Hundertwassera, kompleks 50 pokoi w Wiedniu, który oddano do użytku w 1985 roku w Wiedniu to jedna z najbardziej popularnych turystycznych atrakcji. Jest to dom bez prostych linii i powierzchni, całkowicie asymetryczny, z krętymi korytarzami, zaokrąglonymi narożnikami, z roślinami i drzewami.
W kolejnych latach Hundertwasser pracował nad wieloma projektami architektonicznymi w Niemczech, Austrii, Szwajcarii, jak również w Kalifornii, Japonii i Nowej Zelandii.